Você incorpora Jack Kellar, um sargento de primeira classe da CIA que apresenta um pequeno problema ao aceitar ordens. Um homem cuja identidade não é revelada leva Kellar, algemado, a uma sala de interrogatório, questionando-o sobre a operação terrorista chamada, Seventh Wave, a qual o sargento havia presenciado em uma missão há quatro anos. Kellar, então, narra sua história, que é sentida na pele pelo jogador.

O título apresenta poucas novidades em relação aos seus congêneres. O maior diferencial de Black fica por conta da aparência geral do game, que conta com a simulação de efeitos cinemáticos como a profundidade de campo — que foca ou desfoca de acordo com a perspectiva — e armas bastante detalhadas.

Ao perder uma grande quantidade de energia, o jogador entra em um modo especial, no qual a tela fica preta e branca e tudo fica mais lento. As batidas do coração do sargento ecoam alto alertando o jogador de que podem ser as últimas.